Il n’existe pas à l’heure actuelle de traitement médicamenteux pour soigner les troubles autistiques. Le meilleur traitement reste pour l’heure les interventions comportementales et éducatives visant à pouvoir insérer les autistes dans la société. Cependant, la recherche s’intéresse de plus en plus aux causes environnementales de l’autisme et il a notamment été mis en évidence une altération du microbiote intestinale chez une grande majorité d’autiste. Le lien entre cette altération et la survenue des symptômes autistiques n’est pas encore parfaitement explicité mais il se pourrait que le dysfonctionnement intestinal laisse passer des substances nuisibles dans le sang (notamment des métaux lourds dont le mercure dont on sait que l’intoxication provoque des symptômes semblables à ceux de l’autisme) qui parviendrait à passer la barrière hématoencéphalique causant les différents symptômes de l’autisme.
La prescription de neuroleptiques pour diminuer les troubles du comportement (notamment l’hyperactivité ou les manifestations d’agressivité) reste sujette à débat. Leurs effets secondaires pouvant être extrêmement graves (troubles du rythme cardiaque) il est préférable de ne pas y recourir d’autant plus qu’il s’agit de médicaments antipsychotiques et que l’autisme n’est absolument pas une psychose. Leur prescription devrait donc être réservé à des situations d’urgence le temps de solutionner les causes à l’origine des comportements problématiques de l’enfant avec un protocole de sortie de traitement prévu dès le départ.
Il est nécessaire de prendre en charge l’autisme d’une manière global en prenant en compte les interventions comportementales et éducatives, l’alimentation -la recherche ayant mis en évidence que certaines supplémentations (oméga 3, vitamines du groupe B, magnésium, …) pouvait avoir une incidence sur les troubles autistiques- et les thérapies de régulation (du sommeil, sensorielles, …).